Организация продает товар и находится на общей системе налогообложения. Соответственно, захочет подать на вычет НДС. Но вот незадача, поставщик работает на упрощенной системе налогообложения и НДС не платит.
И, как рыцари в блестящих доспехах, на помощь приходят «фирмы». Они с радостью заключат с организацией фиктивный договор, "нарисуют" счет-фактуру. И вот уже в декларации всплывают новые данные, позволяющие осуществить возврат НДС. Такая помощь осуществляется не безвозмездно, естественно.
А теперь наглядно. Продала фирма на 1 млн руб. Заплатила 200 000 руб. налога. А в ситуации с покупкой НДС, рисуется, например, что организация приобрела товар за 999 000 руб. (к вычету 199 800 руб.) 200 000 минус 199 800 равно 200 руб. налога к уплате в бюджет. Что может быть прекраснее. Схема утрированная, но передает общий смысл.